Sarajevski aerodorm otvoren je za civilni promet 16. avgusta 1996. godine, nakon što je zbog sukoba u zemlji bio zatvoren duže od četiri godine.
Zauzimanje Sarajevskog aerodroma od strane bivše JNA započelo je u noći između 4. i 5. aprila 1992. godine. Aerodrom je opljačkan, opustošen i potpuno uništen, nakon čega je uslijedilo potpuno obustavljanje saobraćaja za civilne letove.
Dio opreme aerodrom će četiri godine kasnije dobiti od raznih humanitarnih organizacija i zemalja, sanirana je sortirnica i pretvorena u improvizirani terminal. Radnici su, nakon kratke obuke u Turskoj, zauzeli svoja dugo očekivana radna mjesta, da bi 16. avgusta Sarajevski aerodrom bio konačno otvoren za civilni promet.
Avion Croatia Airlinesa prvi je sletio na obnovljeni Sarajevski aerodrom i tako ga ponovo otvorio za redovni civilni saobraćaj.
Croatia Airlines uspostavila je vezu između Sarajeva i Zagreba, a turska kompanija Top Air između Sarajeva i Istanbula. Do kraja te godine, Aerodrom Sarajevo ostvario je promet od 26.000 putnika i bio je u Bosni i Hercegovini jedini aerodrom u funkciji za civilno zrakoplovstvo.
Generalna rekonstrukcija aerodromske terminalne zgrade s kompletno novom tehnologijom uspješno se završila početkom 2001. godine.